仙剑三采取了多结局的模式，给玩家更多的选择。
| 紫萱结局 | 剑冢选剑时，其实可以任意选的，只需要在邪剑仙一仗之前，紫萱好感度为全队最高。雪见与龙葵好感度不能过高。 |
|---|---|
| 花楹结局 | 剑冢选剑时，要选择魔剑，并且在与邪剑仙一仗之前，花楹好感度为全队最高。雪见与龙葵好感度不能过高。 |
| 雪见结局 | 剑冢选剑时，雪见好感度不得远低于龙葵好感度。选剑时选择镇妖剑，并且在与邪剑仙一仗之前， 雪见好感度必须大于紫萱好感度。打完邪剑仙后，到新仙界，与重楼的决战中战败。 |
| 龙葵结局 | 剑冢选剑时，龙葵好感度不得远低于雪见好感度。选剑时选择魔剑，并且在与邪剑仙一仗之前，龙葵好感度必须大于紫萱与花楹的好感度。打完邪剑仙后，到新仙界，与重楼的决战中战败。 |
| 完美结局 | 与邪剑仙一仗之前，紫萱或花楹好感度均不能为全队最高。打完邪剑仙后，到新仙界，与重楼的决战中打败重楼。 |
首先要注意的是，剑冢选剑时，如果雪见和龙葵的好感度相差20以上时，系统会自动选剑。
可以在剑冢，调整各个女主角的好感度，然后再去选剑。这样可以一次玩出五个结局。
在游戏的任何时刻，按下键盘上~所在的那个键，即在ESC键下面那个。然后按顺序输入
sOFTsTAR_pAL3_2003
输入时不会看到有任何反应，直到输全部输入完毕后按下回车才会出现控制台。并且注意大小写，前面sOFTsTAR 是“软星”的英文。_ 是下划线。pAL3 是仙剑三的缩写，而2003 是仙剑三发行的年份。
调出控制台之后，再按 fv 回车，就可以查看好感度。